蛋白质组学研究是系统式鉴定、定量蛋白质，并全景式研究蛋白质 功能的学科。
数据非依赖性采集（Data-Independent Acquisition，DIA）是当前 蛋白质组学中应用范围较广的定量方式。DIA扫描模式中，超高分 辨质谱将一级质谱的质荷比范围分为若干窗口，快速地对特定质量 范围内所有母离子进行碎裂并采集碎片离子。相比于传统的DDA方 法，DIA定量有更好的重现性及准确性，DIA也更加适用于大队列定 量蛋白质组学研究
TMT标记定量是蛋白质组学多重定量分析研究中使用最广泛、也是 功能最强大的研究策略，有实验周期短、检测通量高、缺失值少等 优点，目前TMT标记已经可以同时完成最多18个样品的定性定量
赛默飞开发了新一代四极杆静电场轨道阱台式质谱仪Orbitrap Exploris? 240
全新的智能搜索引擎CHIMERYS?，是赛默飞与蛋白质组学人工 智能领域的领导者MSAID?的合作成果，是全新一代为解析混合 谱而生的人工智能算法
生物标志物的开发过程主要包括三个阶段，即发现、验证和确认。
血浆是蛋白质生物标志物的重要来源，可用于揭示疾病生物学、分析对治疗的 反应或用于诊断和预后。血浆蛋白质组学的主要优势在于可以很方便地从常规 抽血中获取样本，并且待分析的大队列样品可储存在生物库等位置。然而，由 于血浆中的蛋白质动态范围很宽，因此使用自下而上的蛋白质组学方法分析这 些生物标志物面临着很大的挑战。